冥界篇的死斗之后。中了冥王哈迪斯的诅咒而丧失所有力量的星矢在雅典娜・城户沙织的看护下静静地生活着。但奥林匹斯十二主神之一的月之女神阿尔忒弥斯要将反抗神的星矢抹煞掉，于是派遣了三名天斗士（Angel）下人界。沙织为救星矢的性命，将女神的地位和地上世界的支配权交给了阿尔忒弥斯。成为大地之神的阿尔忒弥斯企图在大地上施下天罚令人类灭亡，而失去神力的沙织则通过流出自己的鲜血来保护人类。面对未曾有过的危机，本应失去力量的星矢重新站起，重新赶赴紫龙、冰河、瞬、一辉还有雅典娜的身边。然而天斗士们出现在星矢的面前并阻挡其去路，最后连奥林匹斯十二主神的阿波罗也降临了。面对全宇宙最强的神，赌上人类命运的最大的战斗开始了。