公元2029年3月,日本总理大臣暗杀事件出现。在闻所未闻的恐怖袭击中,草薙素子曾从属的“501机关”的上司库露兹也成为了被害者。——战后最凶恶的事件爆发,素子等人立刻开始搜査。 随着调查深入,素子开始追查犯人头目,为此,她召集曾合作过的能人异士。这些人大多从未有过团队合作的经验,因此最初并不顺利,但即使如此,大家也一点点揭示出事件的真相。 在大使馆中发生的人质事件、总理大臣暗杀事件的背后,他们发现了一种特殊的电脑病毒“fire starter”,随后大家发现,这件事与素子诞生的秘密有关…… 当理解恐怖事件的全貌之时,素子等“怪人集团”也陷入危机,渐渐走入绝境,此时素子向大家下令:“听从自己的GHOST”。 这便是后来以“STAND ALONE TEAM”闻名的“攻壳机动队”诞生的故事。
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