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慶応四年――幕府軍と薩摩軍の争い“鳥羽伏見の戦い”が始まった。土方は前線で指揮を執り、山崎は隊医として負傷者の救護にあたる。しかし圧倒的に不利な銃撃戦、淀城の薩摩への寝返りと、苦戦する新撰組は次第に追い詰められていく。一方で、思いを寄せる少女・沙夜を身請けするため奔走していた鉄之助は、隊を離れたまま幕府軍大敗の知らせを聞く。自分は何のために新撰組に入ったのか――屯所へ来て間もない頃、山崎と交わした会話を思い出した鉄之助は、もう一度刀を手に、隊へと戻る決意をするが……抗うことの出来ない運命の戦いが幕を開