故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度。作为校长的儿子，碇真嗣感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香，分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。 动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。