主人公上条当麻是一名平凡的高中生，作为无能力者的他并非完全没有能力，而是他名为“幻想杀手”的特殊能力能够将一切异能（包括超能力和魔法）无效化。在宿舍阳台上他遇见了一位纯白修女。这位少女自称“茵蒂克丝（Index）”，是从魔法世界逃了出来，现在正在被魔法师追赶中。就这样，掌握了十万三千本魔道书的少女与拥有抹杀一切幻想的“幻想杀手”右手的少年一起，经历了一系列惊险故事。转眼间，暑假临近结束，新的故事也由此开始。在新的故事中，罗马正教的登场将魔法侧的故事拓展到了学园都市，而上条他们的战斗舞台也将走向世界。另一方面，通过描述学园都市的学生生活和潜伏在其背后的黑暗，科学侧的故事也将会逐步开。