時は、明治64年。舞台は、徳川慶喜が絶対権力を維持し続けている、もう一つの日本。国家は、独自のエネルギー源、“龍脈”を整備し、江戸時代と科学が混ざり合う、独特な発展を遂げた。しかし、そんな華やかな都市の裏で、革命の炎をくすぶらせ、政権打倒を目論む、反体制派組織クチナワが、うごめく。その駆除を任された、徳川政府の闇組織、「鵺」。幼い頃、家族を殺された雪村咲羽は、「鵺」の処刑人となり、その仇、蛇埜目を探し続けていた。